Entonces, ¿eres artificial o no? Analizamos un nuevo argumento a favor del SARS-CoV-2 artificial

Entonces, ¿eres artificial o no? Analizamos un nuevo argumento a favor del SARS-CoV-2 artificial

¿Vamos camino de convertir la Tierra en un gigantesco microondas?
Venus y Júpiter parecerán ‘casi colisionar’ en el cielo nocturno esta semana
Xi humillado’: la teoría de la fuga en el laboratorio de Wuhan gana terreno mientras los expertos señalan la evidencia en el libro

 


Muchas teorías de conspiración sobre el origen del SARS-CoV-2 se han acumulado durante dos años y medio. Algunos de ellos no pasaron de rumores y charlas locales, otros llegaron al Senado de EE.UU.

Pero ninguna de las teorías sobre el origen de laboratorio del nuevo coronavirus ha recibido aún reconocimiento en la comunidad científica. Recientemente, un biólogo alemán y dos estadounidenses han formulado otra prueba del virus creado por el hombre.

A pedido de N+1, el bioquímico Georgy Kurakin, miembro asociado de la Royal Biological Society, habla sobre cómo intentaron demostrar el origen de laboratorio del SARS-CoV-2 esta vez a través de estadísticas, y por qué este intento no convenció a los científicos. .

Aunque se cree que el SARS-CoV-2 llegó a los humanos a través de los murciélagos, aún no ha sido posible atrapar a ese murciélago fatal. Ni siquiera sabemos quién contrajo la nueva enfermedad primero (lea más sobre la búsqueda del «paciente cero» en el material «Regalos de amor»).

Por eso, algunos políticos siguen investigando con la esperanza de coger la mano del desventurado ayudante de laboratorio -o, por el contrario, del genio maligno- que creó un nuevo virus y le permitió escapar hacia la libertad.

Y los virólogos están investigando la única fuente confiable de información sobre el origen del coronavirus: su genoma.

De vez en cuando, los científicos individuales anuncian que finalmente han discernido rastros de manipulaciones de laboratorio en él (lea sobre declaraciones anteriores de este tipo en el material «Usted mismo es artificial»). Pero en un examen más detenido, todas estas sospechas resultaron ser infundadas.

Qué están buscando

En las primeras etapas, intentaron buscar el signo más evidente del origen de laboratorio del SARS-CoV-2: el llamado «pegado».

Si de repente resulta que el genoma de un virus consiste en fragmentos de virus que no están relacionados entre sí, que difícilmente podrían intercambiarse en condiciones naturales, entonces esto sería un fuerte argumento a favor del hecho de que una quimera creada en el laboratorio escapó al mundo.

El nuevo coronavirus no parece «pegado» en el laboratorio: las diferencias con los virus conocidos están dispersas por todo su genoma. Otra cosa es que se podría pegar una pequeña parte: el gen de la proteína S, mediante el cual el virus se une al receptor ACE2 en la célula huésped.

La secuencia de nucleótidos que corresponde al sitio de unión de la proteína S difiere de su homólogo en el pariente más cercano RaTG13 (coronavirus de murciélago) más que el resto del genoma.

Pero en sí mismo este hecho no dice nada sobre el origen. También pueden surgir diferencias durante la recombinación natural entre genomas virales, lo que ocurre con mucha frecuencia.

Para el contacto directo con ACE2, la región RBD (dominio de unión al receptor, dominio de unión al receptor), que simplemente llamamos el sitio de unión por simplicidad, es responsable. Está indicado en rojo en el recuadro a la derecha por
Saadat et al.

Al comienzo de la pandemia, los virólogos sugirieron que el gen de la proteína S podría provenir del SARS-CoV-2 del coronavirus del pangolín de Java. Pero cuando los científicos compararon las secuencias de proteína S de diferentes virus y construyeron un árbol filogenético para ellos, no vieron signos de recombinación reciente.

Entonces, si lo fue, hace mucho tiempo, es decir, el ancestro común del SARS-CoV-2 y el virus del pangolín recibió este sitio. Y este antepasado intercambió genes con el bisabuelo del primer SARS-CoV.

Entonces, la versión de que alguien pegó a propósito una sección genética del virus del pangolín en el coronavirus del murciélago resultó ser un maniquí: el sitio es similar, pero no el mismo, y su pedigrí se perdió en el pasado.

Relaciones entre las proteínas S de diferentes coronavirus

Cuando no se pudo encontrar la unión, las sospechas recayeron en el sitio de la furina, una sección corta en la proteína S que es escindida por la proteasa furina. La presencia de este sitio hace que el coronavirus sea más patógeno.

Los parientes más cercanos del SARS-CoV-2 no tienen este sitio, lo que permitió a los partidarios de la teoría de laboratorio presentar el sitio de la furina como un signo de interferencia en el genoma del virus.

Pero incluso entonces se sabía que muchos otros coronavirus salvajes tienen sitios de furina similares. Y que surgieron muchas veces de forma independiente, por lo que el SARS-CoV-2 bien podría adquirir un sitio furin sin ayuda externa.

Ahora, los analistas atentos de los genomas virales han presentado un nuevo argumento a favor de la naturaleza de «laboratorio» del coronavirus.

¿Qué has encontrado ahora?

Una de las principales herramientas utilizadas por los ingenieros genéticos son las enzimas de restricción (también son endonucleasas de restricción). Este es un gran grupo de enzimas que se aíslan de las bacterias y pueden escindir el ADN en un lugar estrictamente definido.

Cada enzima de restricción puede unirse al ADN solo donde ve una secuencia corta específica de nucleótidos (4 a 8 piezas). Se llama un sitio de restricción. La enzima de restricción se asienta sobre él y corta la hebra de ADN en el sitio mismo o al costado.

Y se corta para que una de las dos hebras de ADN sea un poco más larga. Y con este extremo más largo, el hilo puede adherirse a alguna otra molécula de ADN, si la misma enzima de restricción ha funcionado en él.

Los genetistas moleculares usan enzimas de restricción si necesitan, por ejemplo, insertar una nueva pieza en la cadena o reemplazar un fragmento por otro. En este caso, se suelen utilizar dos endonucleasas diferentes en cada experimento: una hace un corte en un lado del gen, la otra en el otro.

Después de ellos, quedan diferentes extremos cohesivos, lo que ayuda a conectar correctamente el gen cortado con otras piezas de ADN.

Si alguien manipulara genéticamente el SARS-CoV-2, probablemente también usaría restrictasas. Pero estas enzimas, por desgracia, no dejan ningún rastro de su trabajo en el ADN. Pero puedes mirar los sitios de restricción en el genoma del virus.

Por sí mismos, los sitios de restricción no pueden considerarse un signo de un organismo creado por el hombre. Están en cualquier genoma, porque las bacterias se protegen de los virus eliminando secuencias sospechosas de sí mismas, y utilizan cientos de enzimas diferentes para hacerlo.

Ahora hay más de 800 enzimas de restricción diferentes disponibles para los biólogos moleculares, por lo que hay muchos lugares en su genoma y en el genoma de su gato que algunas de las tijeras moleculares pueden reconocer y cortar. Pero eso no significa que tu gato se haya escapado del laboratorio. Y, además, tú.

Los autores de la nueva preimpresión (es decir, el artículo científico sin igual) dijeron que la ubicación de los sitios de restricción, a los que llamaron «huella digital de la endonucleasa», en el genoma del coronavirus supuestamente indica que este genoma ha sido editado.

En general, este término ya existe en genética molecular, pero significa algo completamente diferente. La “huella digital de endonucleasas” es un método en el que la presencia o ausencia de sitios de restricción ayuda a detectar mutaciones en el ADN de los organismos (aquí hay ejemplos: uno, el otro).

Este método nada tiene que ver con el análisis bioinformático del genoma y la búsqueda de rastros de “artificialidad”. Aparentemente, a los autores del trabajo se les ocurrió un nuevo término o no usaron el anterior del todo correctamente.

De cualquier manera, calcularon que los sitios para un par particular de endonucleasas (BsaI/BsmBI) en el genoma del nuevo coronavirus son «más regulares» de lo que se esperaría según las estadísticas de otros coronavirus.

Según los autores, los genetistas moleculares, al crear un nuevo virus, operarían necesariamente en secciones relativamente cortas de ADN, y los sitios para cortar las restrictasas se distribuirían de manera más uniforme que en los virus «salvajes».

Los investigadores trazaron la longitud del intervalo del sitio de restricción más grande frente al número total de tales intervalos. Resultó que, según este parámetro, el SARS-CoV-2 realmente se destaca entre la multitud.

En total, encontró cinco sitios para BsaI/BsmBI, que dividen el genoma del nuevo coronavirus en secciones aproximadamente iguales, que, según los autores del artículo, son sospechosamente cortas.

“Belleza” anormal de los sitios de restricción BsaI/BsmBI en SARS-CoV-2

En el contexto de otros coronavirus, el SARS-CoV-2 realmente se destaca. Pero antes de sacar conclusiones de gran alcance de esto, sería bueno asegurarse de que la anomalía es realmente significativa. Y aquí surgen interrogantes a la metodología del artículo.

Exactitud sospechosa

En primer lugar: ¿por qué BsaI/BsmBI? Los biólogos moleculares tienen más de 800 restrictasas en su arsenal. La elección de una herramienta específica depende exactamente de dónde necesita cortar y pegar el genoma, qué genes insertar en él.

No está claro por qué vale la pena prestar atención a estas dos enzimas. Además, si miras a otra pareja, hay una gran oportunidad de ver una imagen completamente diferente.

Imagina que tienes cinco monedas en tus manos y las lanzas varios cientos de veces. Probablemente algún día formarán una forma reconocible: por ejemplo, cuatro de ellos caerán en un rectángulo y el quinto estará en algún lugar de su centro. Y no lo percibirá como una anomalía, simplemente hizo muchos intentos.

Cada par de endonucleasas de restricción es también un «intento», lo que podría dar una ubicación completamente diferente de los sitios de restricción.

Pero los autores del trabajo, por alguna razón, dedicaron toda su atención al que da una imagen anormalmente precisa. Este error estadístico se denomina representación selectiva de datos o selección selectiva.

Por cierto, los negacionistas y los teóricos de la conspiración de todas las tendencias se han encontrado repetidamente con esto, desde los creacionistas hasta los negacionistas del cambio climático: los primeros se aferraron a las anomalías puntuales de las capas geológicas, los segundos a los cambios a corto plazo en las tendencias de la temperatura media anual.

Pero aun suponiendo que esta anomalía sea estadísticamente significativa, ¿prueba el origen de laboratorio del coronavirus? Este podría ser el caso si los autores hipotéticos estuvieran involucrados en la creación de un virus con un genoma ordenado. Pero los biólogos malévolos se comportarían de manera diferente y buscarían aumentar la virulencia.

Para hacer esto, habría que barajar los genes o cambiar sus partes importantes, y los genes en todos los organismos están ubicados sin mucha regularidad, lo cual es bastante feo.

Y además, tienen diferentes longitudes. Y las regiones importantes para la virulencia pueden ser incluso muy cortas, por lo que es problemático distribuirlas uniformemente por todo el genoma.

Como resultado, la distribución de los sitios de restricción en un virus creado por el hombre puede ser diferente, según la longitud y la cantidad de segmentos de ADN insertados en él, y no tiene que verse limpio en absoluto.

Por lo tanto, muchos científicos creen que es inútil buscar sitios de restricción cuidadosamente colocados para probar la intervención del laboratorio.

El profesor Benjamin Neumann de la Universidad Texas A&M incluso compara este tipo de búsqueda con la numerología: «Es como convertir la secuencia del genoma en números, encontrar la suma de esos números y compararlos con el número de la Bestia».

Finalmente: ¿están seguros los autores del trabajo de que otros virus no portan tales anomalías en su genoma? A juzgar por los gráficos de la preimpresión, algunos coronavirus naturales, que los propios autores no sospechan, resultaron ser incluso más «artificiales» que el SARS-CoV-2 según la misma métrica.

Entonces, en el buen sentido, era necesario plantear la cuestión de su origen (sin embargo, en este caso, habría que resolver la difícil cuestión de los puntos de corte: ¿a partir de qué valor un virus debe considerarse artificial?) .

El color gris (casi toda la curva) indica coronavirus naturales y los puntos de colores indican los modificados genéticamente. Cuanto más a la izquierda, más probable es que el virus haya sido creado artificialmente (según los autores). El gran punto rojo es SARS-CoV-2. Pero a su izquierda hay otros coronavirus: tanto artificiales (puntos de colores) como naturales (partes grises de la curva, marcadas con flechas)

Además, los cinco sitios de restricción sospechosos tienen homólogos en coronavirus relacionados evolutivamente. “Si intentas reconstruir el ancestro común del SARS-CoV-2 y [sus] parientes más cercanos (lo que no parecían hacer en el trabajo original), resulta que también tenía los cinco sitios”.

Esto significa que el coronavirus también podría adquirir sus sitios de restricción perfectamente ubicados sin ayuda externa, simplemente heredándolos de su antepasado.

Derecha: Ubicación de los sitios de restricción en los genomas de varios coronavirus. Izquierda: árbol filogenético reconstruido de estos coronavirus. Dos cepas de SARS-CoV-2

Total

Los autores de la preimpresión están resucitando la hipótesis del pegado con una nueva apariencia: solo están buscando en el genoma del virus no detalles pegados, sino lugares donde podrían colocarse. Pero al mismo tiempo no explican qué, de hecho, estaba pegado.

Los genomas ensamblados artificialmente se pueden identificar filogenéticamente: diferentes secciones resultan ser descendientes de diferentes virus. Además, muy probablemente, los ingenieros genéticos tomarían algunos virus conocidos, y la coincidencia de secciones individuales de un virus artificial con ellos sería del cien por cien.

Pero casi todas las partes del genoma del SARS-CoV-2 muestran una identidad máxima (¡aunque no completa!) con el mismo coronavirus de murciélago, RaTG13. La excepción es el sitio de unión ya mencionado de la proteína S, donde la recombinación podría ocurrir.

Pero los autores de la preimpresión no buscan rastros de edición en esta controvertida área, sino que se centran en la distribución uniforme de los sitios de restricción en todo el genoma. “En general, creo que los argumentos evolutivos también están en contra del trabajo original”, resume Bazykin.

Esta preimpresión, como muchas otras, causó un ligero revuelo en la comunidad científica: otros virólogos comenzaron a recalcular y verificar dos veces sus resultados. Pero incluso él, muy probablemente, compartirá el destino de sus predecesores de la conspiración y no será aceptado para su publicación en ninguna revista prestigiosa.

Esto sucedió antes, por ejemplo, con una preimpresión sensacional sobre las inserciones en el genoma de un nuevo coronavirus, supuestamente originado en el VIH-1. Después de disputas y revisiones, los autores incluso lo retiraron de bioRxiv.

La nueva versión preliminar todavía está en su lugar, pero la comunidad científica ya ha emitido su veredicto. Como dijo el microbiólogo Alex Krits-Christoph: «Hay muchas cosas en la ciencia que decimos que están ‘incorrectas’, pero esta preimpresión es solo un concepto erróneo».

Y los intentos de encontrar algo sospechoso en el genoma del coronavirus ciertamente no terminarán ahí. Habrá nuevos trabajos, y puede comenzar a adivinar en qué se basará la próxima teoría sobre el coronavirus creado por el hombre. Ya nos estamos preparando mentalmente para desmontarlo. ¡Quédate en la línea!

¿Te gustó este artículo?

Descarga nuestra app para Android y no te perderás ninguno.

COMMENTS